我們可將抗菌肽分為6類:

　　(1)昆蟲抗菌肽 昆蟲是種群大的生物種類,抗菌肽的數(shù)量難以估量?，F(xiàn)在,僅在鱗翅目、雙翅目、鞘翅目和蜻蜓目等8個(gè)目的昆蟲中發(fā)現(xiàn)超過200多種昆蟲抗菌肽類物質(zhì),僅從家蠶這一種昆蟲獲得了40個(gè)抗菌肽基因。

　　(2)哺乳動(dòng)物抗菌肽 1989年, 從豬小腸中分離到哺乳動(dòng)物抗菌肽Cecropin P1。目前,從豬中分離出至少18種,綿羊中至少30種,牛中至少30種抗菌肽。人類機(jī)體中發(fā)現(xiàn)的防御素屬于抗菌肽中的一個(gè)大家族,根據(jù)其氨基酸的空間結(jié)構(gòu)和分泌部位的差別又分為三大類:人α-防御素(humandα-defensin)、人β-防御素(human β-defensin, HβD)、人θ-防御素(humanθ-defensin)[5],現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)人防御素達(dá)35種以上,其中非常重要的防御素有10種。

　　(3)兩棲動(dòng)物抗菌肽 兩棲類動(dòng)物裸露的具多種功能,在皮膚的分泌物中存在的大量皮膚活性肽具有多樣的生物學(xué)活性,其中大多數(shù)多肽類物質(zhì)均具有一定的抗微生物活性,在進(jìn)化上是一類非常古老而有效的天然防御物質(zhì),往往歸為抗菌肽。在非洲爪蟾中就有十多種抗菌肽,不僅在皮膚顆粒腺表達(dá),也有存在于胃粘膜和小腸道細(xì)胞。在非洲爪蟾皮膚中發(fā)現(xiàn)的小分子抗菌肽---爪蟾素(magainins)是較早發(fā)現(xiàn)的兩棲動(dòng)物抗菌肽,具有很高的抗菌活性,此后相繼發(fā)現(xiàn)了多種蛙類抗菌肽。據(jù)不*統(tǒng)計(jì),目前已經(jīng)從無(wú)尾兩棲動(dòng)物8個(gè)屬約40多種兩棲類動(dòng)物的皮膚中提取出了數(shù)百種抗菌肽,APD數(shù)據(jù)庫(kù)中就收錄了其中的548種。大量研究發(fā)現(xiàn)蛙類抗菌肽具有協(xié)同效應(yīng),但不同的蛙類抗菌肽很少具有同源性。

　　(4)魚類、軟體動(dòng)物、甲殼類動(dòng)物來(lái)源的抗菌肽 1986年,從豹鰨分離到一種含有35個(gè)氨基酸殘基抗菌肽Pardaxin是早從魚類分離得到的兩親性陽(yáng)離子α螺旋結(jié)構(gòu)具有穿膜作用的多肽,該肽是離子型神經(jīng)毒素,由該肽衍生出了一系列具有比蜂毒素抗菌活性更強(qiáng),溶血活性更低的抗菌活性肽。1998年, 報(bào)道了鯰(Parasilurus asotus)受傷時(shí)上皮粘膜細(xì)胞層分泌一種19個(gè)氨基酸殘基的組蛋白H2A抗菌肽parasinⅠ,具有廣譜強(qiáng)抗菌活性,其抗菌活性是蛙皮素mainin 2的12~100倍。目前,從魚類分離得到49種以上抗菌肽。防御素是貽貝等海洋軟體動(dòng)物的重要抗微生物肽,迄今發(fā)現(xiàn)的貽貝防御素根據(jù)其初級(jí)結(jié)構(gòu)、性質(zhì)和共有的半胱氨酸序列分為Defensin、mytilin和myticin 3種。蝦經(jīng)細(xì)菌感染后可誘導(dǎo)多種基因表達(dá),其中含有多種抗菌肽基因。自1997年報(bào)道甲殼動(dòng)物抗菌肽氨基酸全序列以來(lái),從甲殼類動(dòng)物如對(duì)蝦血細(xì)胞中分離出多種抗菌肽。

　　(5)植物抗菌肽 植物中也存在一些結(jié)構(gòu)上與昆蟲、哺乳動(dòng)物防御素結(jié)構(gòu)相似的植物抗菌肽,稱為植物防御素。大多數(shù)植物抗菌肽對(duì)植物病原具有良好活性,部分植物抗菌肽對(duì)革蘭氏陽(yáng)性菌、陰性菌、真菌、酵母及哺乳動(dòng)物細(xì)胞均有毒性。Thi-onins是早從植物中分離的抗菌肽。

　　(6)細(xì)菌抗菌肽 細(xì)菌抗菌肽又稱細(xì)菌素(bacteriocin),包括陽(yáng)離子肽和中性肽,革蘭氏陽(yáng)性菌和革蘭氏陰性菌均可分泌。細(xì)菌中已發(fā)現(xiàn)的抗菌肽有桿菌肽(Bacitracin)、短桿菌肽S(Gramicidin S)、多粘菌素E(Polymyxin E)和乳鏈菌肽(Nisin)4種類型。目前,APD數(shù)據(jù)庫(kù)中就收錄的細(xì)菌素有119種,其中乳酸鏈球菌肽nisin是由乳球菌產(chǎn)生的含3~4個(gè)氨基酸殘基的短肽,它是一種耐酸性物質(zhì),即使在胃這樣低pH環(huán)境中穩(wěn)定性也很高,能抑制革蘭氏陽(yáng)性菌如梭狀芽孢桿菌和李氏桿菌。Bacillus spp.產(chǎn)生的桿菌肽mersacidin對(duì)"超級(jí)耐藥菌"---耐甲氧西林葡萄球菌(MRSA)具有良好的抑制作用,通過腹腔給藥可以清除MRSA感染小鼠血液、肺、肝、腎、脾等臟器中的細(xì)菌,并且對(duì)小鼠各器官?zèng)]有造成明顯的損害。